什么是三定方案？
三定方案是：定职能、定机构、定编制
定机构，就是确定行使职责的部门，包括名称、性质（行政或事业）、经费（全供、差供、自收自支）等。
定编制，实质就是定人员数额，这其中包含部门领导职数和内设机构的领导职数。
定职能，就是这个部门具体是干什么的，以及部门内设的处（科或股）、室的具体职责。
2016年中国交通运输部“三定”方案中设定的部门架构，与之前的职能架构基本一致，最大变化是新增加了道路运输司和安全监督司，用以接管城市交通职能。“三定”方案还强调了交通运输部的安全监督职能。
交通运输部三定方案内容
交通运输部主要职责内设机构和人员编制规定
根据第十一届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》(国发[2008]11号)，设立交通运输部，为国务院组成部门。
一、职责调整
(一) 将原交通部的职责，原中国民用航空总局的拟订民航行业规划、政策和标准职责，原建设部的指导城市客运职责，整合划入交通运输部。
(二) 取消已由国务院公布取消的行政审批事项。
(三) 取消公路养路费、航道养护费、公路运输管理费、公路客货运附加费、水路运输管理费、水运客货运附加费等六项交通规费的管理职责。
(四) 将组织推广公路水路行业设备新技术、协调闲置设备调剂等职责交给事业单位，将港口企业与国际港口组织联络等工作交给有关行业协会。
(五) 加强综合运输体系的规划协调职责，优化交通运输布局，促进各种运输方式相互衔接，加快形成便捷、通畅、高效、安全的综合运输体系。
(六) 加强统筹区域和城乡交通运输协调发展职责，优先发展公共交通，大力发展农村交通，加快推进区域和城乡交通运输一体化。
(七) 继续探索和完善职能有机统一的交通运输大部门体制建设，进一步优化组织结构，完善综合运输行政运行机制。
二、主要职责
(一) 承担涉及综合运输体系的规划协调工作，会同有关部门组织编制综合运输体系规划，指导交通运输枢纽规划和管理。
(二) 组织拟订并监督实施公路、水路、民航等行业规划、政策和标准。组织起草法律法规草案，制定部门规章。参与拟订物流业发展战略和规划，拟订有关政策和标准并监督实施。指导公路、水路行业有关体制改革工作。
(三) 承担道路、水路运输市场监管责任。组织制定道路、水路运输有关政策、准入制度、技术标准和运营规范并监督实施。指导城乡客运及有关设施规划和管理工作，指导出租汽车行业管理工作。负责汽车出入境运输、国际和国境河流运输及航道有关管理工作。
(四) 承担水上交通安全监管责任。负责水上交通管制、船舶及相关水上设施检验、登记和防止污染、水上消防、航海保障、救助打捞、通信导航、船舶与港口设施保安及危险品运输监督管理等工作。负责船员管理有关工作。负责中央管理水域水上交通安全事故、船舶及相关水上设施污染事故的应急处置，依法组织或参与事故调查处理工作，指导地方水上交通安全监管工作。
(五) 负责提出公路、水路固定资产投资规模和方向、国家财政性资金安排意见，按国务院规定权限审批、核准国家规划内和年度计划规模内固定资产投资项目。拟订公路、水路有关规费政策并监督实施，提出有关财政、土地、价格等政策建议。
(六) 承担公路、水路建设市场监管责任。拟订公路、水路工程建设相关政策、制度和技术标准并监督实施。组织协调公路、水路有关重点工程建设和工程质量、安全生产监督管理工作，指导交通运输基础设施管理和维护，承担有关重要设施的管理和维护。按规定负责港口规划和岸线使用管理工作。
(七) 指导公路、水路行业安全生产和应急管理工作。按规定组织协调国家重点物资和紧急客货运输，负责国家高速公路及重点干线路网运行监测和协调，承担国防动员有关工作。
(八) 指导交通运输信息化建设，监测分析运行情况，开展相关统计工作，发布有关信息。指导公路、水路行业环境保护和节能减排工作。
(九) 负责公路、水路国际合作与外事工作，开展与港澳台地区的交流与合作。
(十) 指导航运、海事、港口公安工作，管理交通直属公安队伍。
(十一) 承办国务院交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，交通运输部设12个内设机构：
(一) 办公厅。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担综合性报告、文件起草和政务公开、保密、信访等工作。
(二) 政策法规司。
组织起草相关法律法规草案和规章，承担有关立法规划和协调工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承办相关行政执法、行政复议和行政应诉工作；组织开展政策研究；承担新闻宣传工作；指导公路、水路行业有关体制改革；指导行业节能减排工作。
(三) 综合规划司。
组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织起草相关行业发展战略和规划，参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；承担有关规划和建设项目的审核工作；提出国家有关专项资金投资政策和资金安排建议并监督实施；组织编制港口规划，承担岸线使用审查工作；承担有关环境保护、利用外资、统计、信息工作。
(四) 财务司。
承担公路、水路行业有关投融资政策拟订工作；承担专项资金、预决算、政府采购、外汇、信贷有关工作；承担机关和直属单位财务及资产管理、内部审计工作。
(五) 人事劳动司。
承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动保护和卫生监督工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；承担有关智力引进和对外劳务合作工作；承办部业务主管社会团体相关事务。
(六)公路局。
承担公路建设市场监管工作，拟订公路建设、维护、路政、运营相关政策、制度和技术标准并监督实施；承担国家高速公路及重要干线路网运行监测和协调；承担国家重点公路工程设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收工作；承担公路标志标线管理工作；指导农村公路建设工作；起草公路有关规费政策并监督实施。
(七) 水运局。
承担水路建设和运输市场监管工作，拟订水路工程建设、维护、运营和水路运输、航政、港政相关政策、制度和技术标准并监督实施；承担国家重点水路工程设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收工作；承担港口、航道及设施、通航建筑物、引航管理工作；承担船舶代理、船舶管理、理货、港口设施保安、无船承运、船舶交易等管理工作；承担国际和国境河流运输及航道管理工作；起草水路有关规费政策并监督实施；承担对台运输管理工作。
(八) 道路运输司(出租汽车行业指导办公室)。
承担城乡道路运输市场监管，指导城市客运管理，拟订相关政策、制度和标准并监督实施。承担运输线路、营运车辆、枢纽、运输场站等管理工作；承担车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担公共汽车、城市地铁和轨道交通运营、出租汽车、汽车租赁等的指导工作；承担跨省客运、汽车出入境运输管理；按规定承担物流市场有关管理工作。
(九) 安全监督司(应急办公室)。
拟订并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关公路、水路运输企业安全生产监督管理工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作；组织协调国家重点物资运输和紧急客货运输；承担国防动员有关工作。
(十) 科技司。
组织拟订公路、水路行业科技、教育、信息化政策并监督实施；组织协调有关重大科技项目研究；承担有关标准、质量和计量工作；承担涉及综合运输体系的标准协调工作。
(十一) 国际合作司(港澳台办公室)。
承办国际和对港澳台合作与交流相关事务，承担有关外事工作；组织有关国际公约的履约和协定的执行工作。
(十二) 公安局。
指导航运、海事、港口公安工作，管理交通直属公安队伍。公安局列入公安部序列，由交通运输部、公安部双重领导，党政工作以交通运输部领导为主，公安业务工作以公安部领导为主。
机关党委 负责机关及在京直属单位的党群工作。
离退休干部局 负责机关离退休干部工作，指导直属单位离退休干部工作。
四、人员编制 交通运输部机关行政编制为398名(含两委人员编制7名，援派机动编制3名，离退休干部工作人员编制61名)。其中：部长1名、副部长4名，司局级领导职数56名(含总工程师2名，安全总监1名，总规划师1名，机关党委专职副书记1名，离退休干部局领导职数3名)。
五、其他事项
(一) 管理中国民用航空局、国家邮政局。
(二) 中国海上搜救中心设在交通运输部，负责组织、协调和指挥重大海上人命搜救、船舶污染事故和重要通航水域清障等应急处置工作，承担国家海上搜救应急反应机制有关具体工作。
(三) 由交通运输部牵头，会同国家发展和改革委员会、铁道部等部门建立综合运输体系协调配合机制。交通运输部会同有关部门组织编制综合运输体系规划，承担涉及综合运输体系规划有关重大问题的协调工作。国家发展和改革委员会负责综合运输体系规划与国民经济和社会发展规划的衔接平衡。
(四) 城市地铁、轨道交通方面的职责分工。交通运输部指导城市地铁、轨道交通的运营；住房和城乡建设部指导城市地铁、轨道交通的规划和建设。两部门要加强协调配合，确保城市地铁、轨道交通规划与城市公共交通整体规划的有效衔接。
(五) 交通运输部长江航务管理局、交通运输部珠江航务管理局为交通运输部派出机构，在所管辖的范围内履行航运行政管理职责。交通运输部长江航务管理局机关行政编制120名。
(六) 中华人民共和国海事局(交通运输部海事局)及直属海事机构履行水上交通安全监督管理、船舶及相关水上设施检验和登记、防止船舶污染和航海保障等行政管理和执法职责。具体机构设置、职责、编制等事项另行规定。
(七) 所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
六、附则
本规定由中央机构编制委员会办公室负责解释，其调整由中央机构编制委员会办公室按规定程序办理。
交通运输部三定方案内设机构
交通运输部内设机构12个职能司局如下：
1、办公厅
2、政策法规司
3、综合规划司
4、财务司
5、人事劳动司
6、公路局
7、水运局
8、道路运输司（出租汽车行业指导办公室）
9、安全监督司（应急办公室）
10、科技司
11、国际合作司（港澳台办公室）
12、公安局
机关党委
离退休干部局
“三定方案”与“三定规定”有什么区别？
1、三定方案”是“三定规定”的内容；而“三定规定”是所作的规定。后者相当于要干什么事情，前者相当于这件事情怎么做。
2、三定规定”是中央机构编制委员会办公室（简称中央编办）为深化行政管理体制改革而对国务院所属各部门的主要职责、内设机构和人员编制等所作规定的简称。该规定是国务院的规范性文件，是各职能部门履行职责的重要依据。三定主要指定部门职责、定内设机构、定人员编制。
3、“三定方案”指的是定职能、定机构、定编制。
（1）定机构，就是确定行使职责的部门，包括名称、性质（行政或事业）、经费（全供、差供、自收自支）等。
（2）定编制，实质就是定人员数额，这其中包含部门领导职数和内设机构的领导职数。
（3）定职能，就是这个部门具体是干什么的，以及部门内设的处（科或股）、室的具体职责。